過去10年因為水產養殖業發展速度快，對環境造成破壞，造成農作物生產能力下降。為增加水產生物對疾病的抵抗力及飼料效益，在水產養殖中添加益生菌的研究應運而生，1986年開始第一例將益生菌應用在水生生物(水中的生物體)的研究，之後益生菌被應用在改善水質及控制細菌性的傳染疾病。現在已有足夠的證據可以證明益生菌可以提高對營養物質的消化率、降低緊迫等。目前，有許多具經濟價值商業用的益生菌，像是枯草桿菌、乳酸桿菌、腸球菌、肉食桿菌、釀酒酵母等。
根據統計資料顯示，益生菌的原料、補充劑、食品等在2008年時產值達美金15,900百萬元，預計到2013年時將達產值美金19,600百萬元，成長幅度約4.3%。目前應用在畜牧及養殖業的益生菌商業產品化已相當普遍，使用方法多數作為飼料的添加劑或直接加入水體中，並可依功能性區分為以下幾類:1.促進成長、2.抑制病源菌、3.增加對營養物質的消化率、4.改善水質、5.提高對緊迫的耐受性、6.提高繁殖率等主要功能。且益生菌在傳統型的食品產業中已被運用相當廣泛並且認為是安全的，為因應全球糧食危機、過漁等因素，水產養殖產業成為替代的主要方案，並藉由益生菌的輔助可提產業的產值及產量，但還是要根據不同養殖物種、生理條件等調整使用方法及菌種。目前益生菌的應用在國際上並沒有統一規範，將來若要應用在人體上，世界衛生組織等就必須建立一套系統，以確保其使用的安全性。《產業發展中心何珮琳摘譯》
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